Microrganismo, microorganismo ou micro-organismo

As formas corretas de escrita da palavra são microrganismo e micro-organismo. A palavra microorganismo está errada desde a entrada em vigor do Novo Acordo Ortográfico, em janeiro de 2009. A palavra microrganismo é a mais usada pelos falantes, sendo a mais socialmente aceita. Micro-organismo aparece em dicionários como sendo o mesmo que microrganismo.

Devemos utilizar as palavras microrganismo e micro-organismo sempre que quisermos referir organismos microscópicos como as bactérias e os fungos, geralmente constituídos apenas por uma célula.

Exemplos:
Microrganismos aeróbios necessitam de oxigênio para viver.
Micro-organismos aeróbios necessitam de oxigênio para viver.

Serão tomadas as medidas necessárias para reduzir o risco de contaminação por microrganismos.
Serão tomadas as medidas necessárias para reduzir o risco de contaminação por micro-organismos.

Microrganismo e micro-organismo são palavras formadas a partir de recomposição de elementos não autônomos ou falsos prefixos, unindo dois vocábulos numa só palavra: micro + organismo. O elemento de formação de palavras micro- é de origem grega e transmite uma noção de pequeno. Na palavra microrganismos houve aglutinação e se perdeu a noção de composição.

Segundo o Novo Acordo Ortográfico, que entrou em vigor em janeiro de 2009, o hífen é utilizado quando o prefixo/ elementos não autônomo/falso prefixo termina com a mesma letra que começa a segunda palavra ou quando a segunda palavra começa com h.
Exemplos: micro-organismo, micro-ondas, micro-história,…

Em todas as outras situações, o prefixo é escrito junto à palavra já existente. Salienta-se que nas formações em que o prefixo termina em vogal e a segunda palavra começa com as consoantes r ou s, estas consoantes deverão ser duplicadas.
Exemplos: microbiologista, micronutriente, microrregião, microssegundo, …

Existem, na língua portuguesa, palavras que apresentam mais do que uma grafia correta, como microrganismo e micro-organismo. A estas palavras chamamos formas gráficas variantes. Embora haja sempre uma forma preferida e mais utilizada pelos falantes, todas as formas são corretas.