As duas palavras estão corretas e existem na língua portuguesa. Sempre que quisermos referir a parte superior de um automóvel e de outros veículos, destinada ao transporte de pessoas ou carga, podemos utilizar os substantivos comuns femininos carroçaria ou carroceria. A palavra carroceria é tida como a mais correta e socialmente aceite, sendo a mais utilizada. A palavra carroçaria, embora com menor uso, aparece em dicionários como sendo o mesmo que carroceria.
A palavra carroceria poderá ter sua origem na palavra em francês carrosserie ou ser formada por derivação sufixal, onde é acrescentado um sufixo a uma palavra já existente, alterando o sentido da mesma. Neste caso, temos a palavra carroça mais o sufixo -eria. A palavra carroçaria é formada também por derivação sufixal. Neste caso, temos a palavra carroça mais o sufixo -aria. Estes sufixos são nominais e formam substantivos. Sugerem um ajuntamento, abundância.
Exemplos:
A carroceria daquele caminhão é metálica.
A carroçaria daquele caminhão é metálica.
Depois do acidente, a condutora ficou presa na carroceria do carro.
Depois do acidente, a condutora ficou presa na carroçaria do carro.
Existem, na língua portuguesa, palavras que apresentam mais do que uma grafia correta. A estas palavras chamamos formas gráficas variantes. Embora haja sempre uma forma preferida e mais utilizada pelos falantes, todas as formas são corretas.